Hans von Schwarzenberg nötigte ihm verschiedene Steuern ab, zu deren
Entrichtung es sich nicht verpflichtet fühlte, und beorderte schließlich einen
Gerichtsbüttel mit einem Hakenschützen nach Gräfinthal ab, um den Prior
gefangenzunehmen. Dieser strengte gegen den Herzog beim Reichskammergericht
 einen Prozeß an, der zwar nie zum Austrag kam, den
weitern Übergriffen Lothringens aber doch einen Riegel vorgeschoben zu
haben scheint. .
Einen ziemlichen Vermögensverlust erlitt Gräfinthal um Ostern 1583
dadurch, daß beim Durchzug welscher Truppen sein großer Hof in Blickweiler
 abbrannte.
Von der religiösen Bewegung des 16. Jahrhunderts merkte man in
Gräfinthal nicht viel; erst 1590, als der Ilutherische Freiherr Friedrich von
Steinkallenfels die Vormundschaft über den minderjährigen Besitzer der
Herrschaft Frauenberg, den Grafen Johann Jakob von Eberstein führte,
kam es zu unangenehmen Zwischenfällen, indem dieser in Bliesmengen
einen evangelischen Pfarrer einzusetzen versuchte. Zwei Jahre lang verfolgte
 er mit mehr oder weniger offener Gewalt dies sein Ziel, bis der
Herzog von Lothringen und der Bischof von Metz der Gewalt auch wieder
Gewalt entgegensetzten und im Sommer 1592 die Rechte des Klosters über
die Pfarrei Bliesmengen sicherstellten, Dies war vielleicht die „irruptio
comitis de Eberstein contra Gräfinthal", über welche Lempfrid einst ein
Instrumentum in der Stadtbibliothek von Metz sah.
Diese Angelegenheit hatte aber noch ein recht übles Nachspiel für das
Kloster und seinen Prior Michael Hartmann. Seine Gegner setzten sich
mit einer eben in Straßburg hausenden Bande verwegener Kerle ins Benehmen,
 die am 3. Oktober 1592 das Kloster überfielen, ausplünderten und
den Prior gefangen wegführten. In dem kurpfälzischen Orte Billigheim versilberten
 sie ihre Beute und unterhandelten mit dem Prior über seine Freilassung,
 die nach 14 Tagen gegen ein Lösegeld von 450 fl. erfolgte.
Auch im Dreißigjährigen Kriege erging es dem Kloster schlimm. Zwischen
1635 und 1640 wurde es vollständig niedergebrannt. Seine Wiederinstandsetzung
 stieß auf viele Schwierigkeiten und ging daher sehr langsam von
statten. Daß es in den Reunionskriegen nochmals verwüstet worden sei,
wie mitunter behauptet wird, ist wenig wahrscheinlich; im Gegenteil scheint
es sich gerade in den letzten Jahrzehnten des 17. und in den ersten des
18, Jahrhunderts erholt und zu Wohlstand emporgeschwungen zu haben,
wohl hauptsächlich durch die dorthin gemachten Wallfahrten, zu deren Aufkommen
 das 1671 erschienene Wunderbüchlein des Wilhelmiten und Mengener
 Pfarrers Friedrich Schaal (oder Schall) das Seinige beigetragen haben
mag. Sie waren es wohl auch, die den von 1714 bis 1718 in Zweibrücken
wohnenden, vertriebenen Polenkönig Stanislaus Leszcynski auf Gräfinthal
aufmerksam machten, dem er zeitlebens ein Gönner blieb. Seine jüngere
Tochter Anna, die am 20. März 1717 achtzehnjährig in Zweibrücken starb.

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